合理的系統配置，不但能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）的正常運行，也可以避免不合理的投資。一般來說短程蒸餾器（分子蒸餾）的操作真空要求較高，因此在進入短程蒸餾器（分子蒸餾）之前，要把物料中對短程蒸餾（分子蒸餾）的真空度產生影響的輕組份（不凝性氣體，低沸點殘留部分）先脫去。實踐證明刮板式薄膜蒸發器是合適的預脫裝置，選擇合適的刮板式薄膜蒸發器能保證短程分子蒸餾器（分子蒸餾）在高真空狀態的正常運行。
       短程分子蒸餾器還適合于進行分子蒸餾。分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾過程可發如下四步：
       1、分子從液相主體向蒸發表面擴散：通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。
       2、分子在液層表面上的自由蒸發：蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而降低，所以，應以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。
       3、分子從蒸發表面向冷凝面飛射：短程分子蒸餾器的蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。由于蒸發分子遠重于空氣分子，且大都具有相同的運動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運動狀態，故殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。
       4、分子在冷凝面上冷凝：只要保證冷熱兩面間有足夠的溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以在瞬間完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。
       短程分子蒸餾器筒體的長徑比L/D通常應該根據物料性質與分離要求控制在3～6范圍內，但是還要通過結構設計予以調整，即通過加熱器與冷凝器的結構尺寸來決定。筒體須控制圓度與表面粗糙度，以適應刮板運動和成膜的需要。夾套的長度與分段則根據提供能源的途徑、內部冷凝器結構以及刮板具體尺寸等參數來確定。當能源為導熱油時，夾套內部可以考慮設置導流板，以強化加熱器的蒸發傳熱過程。筒體與上下封頭組成密閉空腔。連接處須采用可靠的密封結構，以滿足分子蒸餾過程要求的高真空度的嚴格要求。此外，還要根據短程分子蒸餾器結構需要，在筒體上開設必要的工藝儀表接口、冷卻水進出口和蒸出液、蒸余液出口管等。